“Zoid”こと『メトロイドプライム』元開発者デイビッド・キルシュ氏は、海外インタビュー動画にて同タイトル開発中のエピソードを明かしました。
2015年、ゲーム没データアーカイブUnseen64は、「『メトロイドプライム』に『スーパーメトロイド』が隠し要素として収録されるはずだった」という噂を紹介しました。
キルシュ氏はこの噂に関して「任天堂が（移植する案を）没にした」と語っています。当時、同氏を含めた開発チームは『スーパーメトロイド』に熱中しており、任天堂に対しゲームキューブ向け『メトロイドプライム』に同作を移植出来ないか打診したといいます。
しかし、打診の際に見せたゲームキューブ用のSuper Nintendo Entertainment System（SNES）エミュレーターが「“サードパーティ“のものだった」などの理由で、移植が見送られたそうです。
また、任天堂にはNintendo Entertainment System（NES）のエミュレーターが既に存在していたことから、妥協案としてGBA向けソフト『メトロイド フュージョン』との連動特典に、初代『メトロイド』を『メトロイドプライム』へ実装できたといいます。
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